高频交易饱受舆论诟病的是人们包括很多专家把失误损失和市场操纵归咎于高频交易模式而不是操作风险管理缺陷和违规交易，把市场不公平归咎于高频交易而不是大机构行为和监管漏洞。
人们时常从媒体上了解到因为“胖手指”（Fat Finger）或某个机构的订单程序进入了死循环而向市场中发出了巨量订单，然后高频交易算法迅速反应，造成市场崩盘或者剧烈波动的情况。很多人会说，如果没有高频交易，那么市场就不会这么动荡，因为人们不会来不及反应，而且高频交易在市场波动的时候推波助澜，加剧了市场波动。而实际上，即便没有高频交易，市场参与者也会根据自己的情况作出平开仓的决策，当这种决策具有广泛一致性的时候，市场一样会出现剧烈波动，这个是市场中一个常态特征。
而且不是所有高频交易策略都是趋势跟随类策略，市场深度的增加和各种各样的交易行为反而有利于减少不必要的波动，因为大多数情况下人们和策略对行情的看法并不一致。而很多这类情况中亏损的发生，其根本原因，是参与者的操作风险和市场风险管理有严重缺陷造成的，比如不按照交易规定或者策略设计执行操作，风险敞口过大而没有留存充足的风险准备金。因此这类托辞，无异于一名依据日线进行操作的交易者抱怨一分钟线的波动太大。
同样的，相当多的市场参与者为了盈利也会费尽心思挖掘监管漏洞和利用甚至创造市场的不公平。闪单交易就是一个典型。闪单（Flash Order）的交易模式也是属于不公平交易的，与高不高频无关，即便在人工电话下单时代，券商交易员也会根据自己情况抬高、压低、延迟成交某些投资人的电话委托，这个也就是闪单（Flash Order）的原型。有券商资质的各个投行一直将其作为稳定收入来源之一，从人工到自动，后来还加入了分析客户订单的算法。虽然闪单交易已经因为曝光而被禁止，但是还有各类不公平的交易模式充斥在市场当中，利用着监管的漏洞。比如前些日子因为BATS闪电崩盘导致服务器故障而暴露出的操纵市场的事情。你可以在高频交易中找到所有违规交易的影子。
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